（３）NMR法を用いたタンパク質の立体構造解析

文責　榎本

我々は，理化学研究所にて測定されたデータを用いて，構造解析を行っている

理化学研究所横浜研究所

以下，当研究室にて

協力：　阪大蛋白質研究所
　　　　　小林直宏先生

【計算システム】
　Core2Quad Q9400 2.66GHz: １台
　Pentium4 3.0GHz: 5台

　Linux: RedHat, Fedora Core

【キーワード】NMR, 立体構造計算

構造解析の流れ

NMR測定装置

立体構造解析統合環境
ソフトウェア

ピークの帰属と

原子間距離に基づく構造計算

(Combined assignment and dynamics algorithm for NMR applications)
タンパク質用構造解析・計算プログラム

ver.1とver.2を併用している

タンパク質の立体構造
20個の構造の主鎖の重ね合わせ（左）と，
平均構造のリボン図（右）

→　Protein data bank（PDB）への登録

¹H化学シフト(ppm)

無細胞タンパク質合成系を使って
¹³Cと¹⁵Nで標識されたタンパク質

主鎖・側鎖帰属

↓

協力：　チューリッヒ工科大学
　　　　　Peter Ｇunter先生

水素核¹H-¹H間の距離の情報を与えるNOEデータの自動帰属

and

構造計算