(3)NMR法を用いたタンパク質の立体構造解析

文責 榎本

我々は,理化学研究所にて測定されたデータを用いて,構造解析を行っている

理化学研究所 横浜研究所

以下,当研究室にて

協力: 阪大蛋白質研究所
     小林直宏先生

【計算システム】
 Core2Quad Q9400 2.66GHz: 1台
 Pentium4 3.0GHz: 5台

 Linux: RedHat, Fedora Core

【キーワード】NMR, 立体構造計算

構造解析の流れ

NMR測定装置

立体構造解析統合環境
ソフトウェア

KUJIRA program

ピークの帰属と
原子間距離に基づく構造計算

(Combined assignment and dynamics algorithm for NMR applications)
タンパク質用構造解析・計算プログラム

ver.1とver.2を併用している

CYANA program

タンパク質の立体構造
20個の構造の主鎖の重ね合わせ(左)と,
平均構造のリボン図(右)

→ Protein data bank(PDB)への登録

1H化学シフト(ppm)

無細胞タンパク質合成系を使って
13Cと15Nで標識されたタンパク質

(理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域
 横山茂之先生,木川隆則先生との共同研究)

主鎖・側鎖帰属

協力: チューリッヒ工科大学
     Peter Gunter先生

 水素核1H-1H間の距離の情報を与えるNOEデータの自動帰属

and

構造計算